软件业作为知识密集型行业，知识产权在整个行业中的地位非常重要。但当前知识产权保护程度与行业发展需要尚存在一定的距离。知识产权问题在一定程度上依然困扰着软件行业的发展。软件产业在发展中主要有5大知识产权的问题。
    盗版困扰行业发展。软件业的盗版主要体现为以下四种情况：一是复制发行软件。即到网上直接复制、发行著作权人的软件。二是抄袭仿制软件。即以著作权人的软件为基础，进行少量修改。三是捆绑嵌入软件。即未经许可将自己的软件和著作权人的软件和著作权人搅合在一起，且自己软件的正常运行必须以著作权人的软件为基础。四是最终用户商业性地使用软件。软件没有经过著作权人的许可，擅自安装著作权人的软件，用于经营活动。
    商业秘密流失。软件业的商业秘密流失主要体现在三个方面：一是因技术人员或管理人员的流动造成了商业的流失，频繁的跳槽对企业稳定快速的发展制约明显，离职人员往往带着技术秘密、经营策略、管理诀窍、货源情报、客户名单等企业命脉，行业发展不规范。二是在订立软件开发合同等技术合同的过程中，合同一方主体往往需要向另一方提供涉及技术秘密或经营秘密的资料数据或信息，在合同终止时，一方主体未履行保密义务而将其掌握的商业秘密予以披露、使用。三是企业的商业秘密被他人以盗窃、利诱、胁迫等不正当手段获得。其中第一种情况即因人才流动造成流失，因而使行业发展很不规范。